물론 공민왕의 이러한 개혁에 원을 따르던 세력들은 불안해했어요. 하지만 그들이 의지했던 원은 국내 사정으로 고려에 신경 쓸 겨를이 없었지요. 이에 기철 등 원을 따르는 무리는 공민왕을 먼저 없애고자 하였어요.

자신을 암살하려는 계획을 미리 알아챈 공민왕은 이를 빌미로 원을 따르는 무리들을 모두 제거해 버렸어요. 방해를 일삼던 무리가 없어지자 공민왕의 개혁에는 거침이 없었어요.

고려의 내정을 간섭하는데 중심 역할을 했던 정동행성이란 기관을 폐지하였어요. 정동행성은 원이 일본을 정벌하기 위해 설치한 기관이에요.

하지만 일본 정벌에 실패한 이후에는 고려의 정치를 간섭하는 기관으로 계속 남아 있었어요. 공민왕은 이러한 정동행성을 폐지함으로서 원의 간섭으로부터 벗어나고자 한 것이에요.

이어 원의 연호 사용을 폐지하였고, 원의 간섭으로 바뀌었던 각종 왕실의 제도를 원래대로 되돌렸어요.