일본땅에 도착한 안용복은 다시 막부(당시 일본을 지배하고 있던 군사 정권)로 끌려갔어요. 안용복의 죄목은 일본 영토에서 고기를 잡았다는 이유였어요. 방귀 뀐 놈이 성낸다고 정말 기가 찰 노릇이었지요.“내가 무슨 죄가 있는가? 오히려 조선의 바다를 침범하여 불법으로 고기잡이를 한 그대들 나라의 어부들이 잘못한 것이요. 나는 이를 항의하고 꾸짖었을 뿐이오.”안용복은 기죽지 않고 정정당당하게 항의하였어요. 일본 막부에 울릉도와 독도가 조선의 영토이며, 자신을 납치한 처사는 부당하다고 주장했어요. 안용복 사건을 계기로 조선 정부는 대마도를 통해 일본 막부와 이 문제를 교섭하게 되었어요. 결국 일본 막부는 울릉도와 독도는 일본 땅이 아니므로 일본 어민들의 고기잡이를 금지하겠다는 문서를 안용복에게 주었어요. 막부는 안용복을 후하게 대접하고 대마도를 거쳐 조선으로 돌려보내주었지요.일본 관리에게 항의하는 안용복